Anii războiului - Lipatti urcă treptele celebrităţii în ţară prin dese apariţii pe scena de concert şi recital. Memorabile colaborări cu George Enescu. Compune cele mai importante lucrări ale sale care i se prezintă şi în viaţa de concert a capitalei. O cunoaşte pe Madeleine Cantacuzino, bună pianistă şi ea, cu care va rămâne să împartă drumul în viaţă şi care va deveni soţia sa.

Face de asemenea turnee încununate de mari succese în Germania, Italia, Cehia, Slovacia, Bulgaria, împreună cu Filarmonica bucureşteană şi dirijorul George Georgescu. Duce o vie corespondenţă cu prietena sa Clara Haskil, rămasă la Paris. Pentru ea vin ani grei, de refugiu din calea invaziei naziste, dar şi din pricina unei grave boli, o tumoare la hipofiză, care va trebui operată în condiţiile foarte aspre ale războiului, la Marsilia. Intervenţie miraculoasă, soldată cu reuşită, şi, la fel de miraculoasă, o călătorie salvatoare spre Elveţia în 1942 care va deveni a doua ei patrie.